结膜炎有多种类型，对应的眼药水也不同。一般细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，像左氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌DNA旋转酶，从而阻碍细菌DNA复制，起到杀菌作用；妥布霉素滴眼液也常用于细菌性结膜炎，对多种革兰阴性及阳性细菌有抗菌活性。
病毒性结膜炎常用眼药水
病毒性结膜炎可以用阿昔洛韦滴眼液，它能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制。更昔洛韦凝胶也是常用的，它能在被感染细胞内磷酸化，形成的三磷酸更昔洛韦可竞争性抑制DNA多聚酶，并掺入病毒及宿主细胞的DNA中，从而抑制病毒DNA合成。
过敏性结膜炎常用眼药水
过敏性结膜炎可使用富马酸依美斯汀滴眼液，它是一种相对选择性的组胺H1受体拮抗剂，通过抑制组胺的释放来减轻过敏症状。盐酸奥洛他定滴眼液也可用于过敏性结膜炎，它既可以抑制肥大细胞释放组胺，又可以拮抗组胺H1受体。
沙眼导致的结膜炎常用眼药水
沙眼引起的结膜炎可以用磺胺醋酰钠滴眼液，它在体内分解为磺胺醋酰和醋酸，磺胺醋酰可与对氨基苯甲酸（PABA）竞争细菌体内的二氢叶酸合成酶，从而抑制细菌的生长繁殖。利福平滴眼液也适用于沙眼，它能抑制敏感微生物的DNA依赖性RNA多聚酶，阻碍其mRNA的合成。需要注意的是，不同类型的结膜炎用药不同，患者应先就医明确结膜炎类型，再在医生指导下选择合适的眼药水，不要自行随意用药。同时，使用眼药水时要注意正确的操作方法，避免污染眼药水。