急性结膜炎和角膜炎可以使用的眼药水有所不同。一般来说，急性细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，它能有效抑制细菌生长，帮助缓解炎症，通常在医生指导下使用能较快改善症状；而病毒性结膜炎可使用抗病毒类眼药水，像阿昔洛韦滴眼液，对治疗病毒性感染引起的结膜炎有一定作用。
细菌性结膜炎适用眼药水
抗生素类眼药水： 常见的有氧氟沙星滴眼液，它通过抑制细菌DNA旋转酶和拓扑异构酶Ⅳ的活性，阻碍细菌DNA复制来发挥杀菌作用。一般来说，细菌性结膜炎患者使用这类眼药水能在数天内减轻眼部红肿、疼痛等症状。不过，使用时要注意，对喹诺酮类药物过敏者禁用。妥布霉素滴眼液： 属于氨基糖苷类抗生素，主要是抑制细菌蛋白质的合成从而杀菌。它对多种革兰阴性菌及阳性菌有抗菌作用，适用于由敏感菌引起的细菌性结膜炎。儿童使用时需谨慎，要在医生指导下根据体重等情况合理使用。
病毒性结膜炎适用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 它是一种合成的嘌呤核苷类似物，能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制。在病毒性结膜炎发病初期使用，可缩短病程，减轻症状。但孕妇及哺乳期妇女使用时需权衡利弊，因为目前关于其在这些特殊人群中的安全性研究有限。更昔洛韦滴眼液： 同样是针对病毒的药物，通过竞争性抑制病毒DNA多聚酶，并掺入病毒及宿主细胞的DNA中，从而终止病毒DNA链的延伸，达到抗病毒的效果。对于一些较为严重的病毒性结膜炎，可在医生评估后使用，但使用过程中要注意观察眼部反应，如出现严重不适需及时停药就医。
过敏性结膜炎适用眼药水
抗组胺类眼药水： 例如富马酸依美斯汀滴眼液，它能选择性地结合于组胺H1受体，从而抑制组胺引起的结膜血管扩张。过敏性结膜炎患者使用后能较快缓解眼痒、结膜充血等症状，一般每天使用1 - 2次，每次1滴。不过，个别患者可能会出现头痛、乏力等不良反应，使用前最好咨询医生。肥大细胞稳定剂： 像色甘酸钠滴眼液，它可以稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒，从而抑制组胺、5 - 羟色胺、白三烯等过敏反应介质的释放，达到预防和治疗过敏性结膜炎的作用。它可以在过敏季节前提前使用进行预防，也可在发病时使用缓解症状，儿童使用时需在成人监护下进行。