巧克力囊肿患者有可能怀孕，但怀孕难度会增大，甚至可能引发不孕。巧克力囊肿一般指的是卵巢异位囊肿，也就是子宫内膜异位到卵巢部位所形成的囊肿，这会对怀孕产生一定的影响。
一、如果卵巢巧克力囊肿较小，能够正常排卵，且月经周期规律，通常是可以怀孕的。不过怀孕后需要定期进行产检以了解胚胎的发育情况，要高度警惕出现先兆流产、稽留流产等问题。
二、卵巢巧克力囊肿往往会使怀孕难度增加，即受孕较为困难，严重情况下甚至会导致不孕，其不孕率通常可高达40%。而卵巢巧克力囊肿引发不孕主要与以下因素密切相关：
1.盆腔微循环发生改变，从而影响了精卵的结合以及运送。
2.免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加。
3.还可能对卵巢功能产生影响，导致排卵障碍以及黄体形成不良。
总之，巧克力囊肿对怀孕有影响，要根据具体情况来判断怀孕的可能性及风险，需要密切关注和重视。