有巧克力囊肿是有可能怀孕的，但会使怀孕的难度加大，甚至引发不孕。巧克力囊肿一般指的是卵巢异位囊肿，也就是子宫内膜异位到卵巢部位而形成的囊肿，其对怀孕会产生一定的影响。
一、如果卵巢巧克力囊肿较小，能够正常排卵，月经周期也规律，通常是可以怀孕的。不过怀孕后需要按时进行产检，以了解胚胎的发育情况，要高度警惕出现先兆流产、稽留流产等问题。
二、卵巢巧克力囊肿往往会增加怀孕的难度，即受孕较为困难，严重情况下甚至会导致不孕，其不孕率通常可高达40%。而卵巢巧克力囊肿引发不孕主要与以下方面密切相关：
1.盆腔微循环发生改变，对精卵结合及运送造成影响。
2.免疫功能出现异常，导致抗子宫内膜抗体增加。
3.还可能会使卵巢功能出现异常，进而导致排卵障碍以及黄体形成不良。
总之，巧克力囊肿对怀孕有一定影响，需要密切关注和针对性处理。