宝宝口腔溃疡的原因有多种。一般来说，宝宝口腔溃疡可能由多种因素引起，其中常见的原因包括缺乏维生素，比如缺乏维生素B₂时，约有20% - 30%的宝宝可能出现口腔溃疡症状。
缺乏维生素导致
维生素B族缺乏： 尤其是维生素B₂、B₁₂等缺乏时，容易引发口腔黏膜的病变，从而出现口腔溃疡。宝宝如果挑食、饮食不均衡，就很容易导致这类维生素摄入不足。比如长期只吃精细主食，而不吃富含维生素B族的粗粮、肉类、蛋类等食物，就容易缺乏相关维生素。维生素C缺乏： 维生素C对维持口腔黏膜的健康很重要，缺乏维生素C时，宝宝的口腔黏膜抵抗力下降，也容易长口腔溃疡。正常情况下，宝宝每天需要摄入一定量的维生素C，像新鲜的蔬菜水果中富含维生素C，若宝宝不爱吃蔬菜水果，就可能缺乏。
口腔局部刺激引起
创伤性因素： 宝宝在长牙过程中，牙齿萌出可能会刺激口腔黏膜，导致口腔溃疡；或者宝宝不小心咬伤口腔黏膜，比如吃奶时咬到、玩耍时磕碰到等，都可能引起口腔溃疡。例如，宝宝刚长出乳牙时，牙龈可能会有不适感，有时就会导致口腔黏膜被摩擦受伤出现溃疡。口腔清洁不到位： 宝宝口腔卫生较差时，食物残渣容易残留，滋生细菌，刺激口腔黏膜引发溃疡。比如宝宝吃完奶后没有及时清洁口腔，奶渍残留就可能刺激口腔黏膜。
感染因素导致
病毒感染： 像疱疹性口腔炎，多由单纯疱疹病毒引起，宝宝会出现发热、口腔黏膜多个溃疡等症状。一般多见于6个月 - 2岁的婴幼儿，具有一定的传染性，可通过飞沫、唾液等传播。细菌感染： 当宝宝口腔受到细菌感染时，也可能引发口腔溃疡。比如宝宝口腔有破损，细菌入侵后就容易导致局部炎症，出现溃疡表现。
其他因素影响
免疫力低下： 宝宝自身免疫力较低时，容易受到各种病原体的侵袭，从而引发口腔溃疡。比如新生儿或早产儿，由于自身免疫系统发育还不完善，相对更容易出现口腔溃疡情况。过敏反应： 宝宝对某些食物、药物或口腔护理产品过敏时，也可能出现口腔溃疡症状。例如对某些品牌的奶粉过敏，就可能表现在口腔出现溃疡等过敏反应。