宝宝口腔溃疡的原因有多种。一般来说，宝宝口腔溃疡可能由多种因素导致，其中常见的原因之一是缺乏维生素，比如缺乏维生素B₂时就比较容易引发口腔溃疡，有研究显示约30% - 50%的口腔溃疡患者与维生素缺乏有关，尤其是维生素B族的缺乏。
局部创伤因素
创伤性刺激：宝宝在进食时，如果不小心被比较硬的食物擦伤口腔黏膜，或者被尖锐的奶嘴、牙齿等划伤，就容易引发口腔溃疡。比如宝宝吃比较硬的坚果类食物时，就可能会擦伤口腔黏膜从而导致溃疡。口腔卫生不佳：宝宝口腔清洁不到位，食物残渣容易在口腔内滋生细菌，进而刺激口腔黏膜引发溃疡。比如宝宝喝完奶后没有及时清洁口腔，奶渍残留就可能导致口腔细菌滋生，增加口腔溃疡的发生几率。
感染因素
病毒感染：像单纯疱疹病毒感染就可能引起宝宝口腔溃疡。宝宝接触到携带单纯疱疹病毒的物品后，病毒会侵入口腔黏膜，引发炎症反应，出现口腔溃疡。例如宝宝与患有单纯疱疹的人密切接触后，就有可能被感染而出现口腔溃疡症状。细菌感染：一些致病性细菌在宝宝口腔内繁殖，也会导致口腔溃疡。比如链球菌感染，当宝宝口腔局部抵抗力下降时，链球菌就会趁机繁殖，引发口腔炎症，形成溃疡。
自身免疫因素
免疫系统发育不完善：宝宝的免疫系统还处于发育阶段，相对比较脆弱。当免疫系统出现紊乱时，就可能攻击自身的口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。尤其是在宝宝身体抵抗力较低的时候，比如感冒、发烧等疾病前后，更容易出现因自身免疫因素导致的口腔溃疡。过敏反应：宝宝如果对某些食物、药物或口腔护理产品过敏，也可能引发口腔溃疡。比如宝宝对某种品牌的奶粉过敏，在食用后就可能出现口腔黏膜的过敏反应，表现为口腔溃疡。