小儿癫痫是由多种因素引起的，其中遗传因素较为常见，约有30%~40%的小儿癫痫与遗传有关，比如某些特定的基因变异可能会增加小儿患癫痫的风险。
一、遗传因素：
家族遗传倾向： 如果家族中有癫痫患者，那么小儿患癫痫的几率会相对较高。研究发现，某些单基因遗传疾病可直接引发癫痫，像儿童良性癫痫伴中央颞区棘波，就具有明显的遗传倾向，多在特定年龄段发病，遗传方式可能为常染色体显性遗传。基因缺陷： 一些孩子存在特定的基因缺陷，这会影响大脑神经元的正常功能，使得神经元容易异常放电，从而引发癫痫发作。例如某些离子通道相关基因的突变，会导致神经元的电生理特性改变，增加癫痫发生的可能性。
二、脑部结构异常：
先天性脑部发育畸形： 胎儿在发育过程中，受到各种不良因素影响，可能出现脑部发育畸形，如无脑回畸形、巨脑回畸形等。这些脑部结构的异常会干扰大脑正常的神经功能，使得小儿容易出现癫痫发作。比如无脑回畸形的患儿，大脑皮质发育不完善，神经元分布和连接异常，常从婴儿期开始就出现癫痫症状。脑部外伤： 出生时或出生后的脑部外伤也可能导致小儿癫痫。比如难产时产程过长，胎儿头部受到过度挤压；或者婴儿期头部受到撞击等外伤，都可能损伤脑部组织，引起脑组织的异常放电，进而引发癫痫。
三、感染因素：
颅内感染： 小儿时期如果发生颅内感染，如脑炎、脑膜炎等，炎症会刺激大脑神经元，导致神经元异常放电，从而引发癫痫。例如细菌性脑膜炎，病原体感染脑膜及脑组织后，会引起脑组织的炎症反应，影响大脑的正常功能，约有10%~20%的脑炎、脑膜炎患儿会继发癫痫。寄生虫感染： 脑囊虫病是小儿时期常见的寄生虫感染导致癫痫的原因之一。猪绦虫的幼虫囊尾蚴寄生在脑部，会引起脑组织的炎症、水肿等病变，干扰大脑的正常神经活动，导致癫痫发作。在一些卫生条件较差的地区，脑囊虫病引发的小儿癫痫并不少见。