小儿癫痫的病因较为复杂，多种因素都可能引发。据统计，约有三分之一的小儿癫痫与遗传因素相关，比如某些特定的基因突变可能增加小儿患癫痫的风险。
遗传因素相关
基因遗传：一些单基因遗传疾病会引发小儿癫痫，像结节性硬化症，患儿体内特定基因发生突变，就容易出现癫痫发作。家族遗传倾向：如果家族中有癫痫病史，小儿患癫痫的概率会比正常人群高一些，但这不是绝对的，只是相对风险增加。
脑部发育异常导致
胚胎期发育问题：在胎儿发育的胚胎期，如孕妇在孕期感染风疹病毒等，可能影响胎儿脑部正常发育，出生后的小儿就容易出现癫痫。早产因素：早产儿由于脑部发育尚未完全成熟，发生癫痫的可能性比足月儿高。研究发现，早产儿患癫痫的几率大约是足月儿的2 - 3倍。
脑部感染引发
病毒感染：小儿感染脑炎病毒，例如单纯疱疹病毒脑炎，炎症会刺激脑部神经，导致异常放电，从而引发癫痫。细菌感染：像化脓性脑膜炎，如果没有得到及时有效的治疗，也可能损伤脑部组织，引发小儿癫痫。
其他因素影响
脑外伤：小儿头部受到外伤，比如摔倒后头部撞击硬物，造成脑部组织损伤，也可能引发癫痫。代谢紊乱：当小儿出现低血糖、低血钙等代谢紊乱情况时，也可能诱发癫痫。例如严重的低血糖持续一段时间，就可能影响脑部神经功能，导致癫痫发作。