慢性萎缩性胃炎的治疗药物需根据具体情况选择，一般常用抑制胃酸分泌药、胃黏膜保护剂、促胃肠动力药等。例如抑制胃酸分泌药中的质子泵抑制剂，像奥美拉唑等，能有效减少胃酸分泌，缓解胃部不适，这类药物在临床上应用较为广泛。
抑制胃酸分泌药
质子泵抑制剂：这类药物能高度选择性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌。常见的有奥美拉唑，它可以有效减少胃酸对胃黏膜的刺激，一般适用于胃酸分泌过多导致胃痛、反酸等症状的慢性萎缩性胃炎患者。H₂受体拮抗剂：如雷尼替丁，通过阻断组胺H₂受体来抑制胃酸分泌，作用相对质子泵抑制剂稍弱，但也能在一定程度上缓解因胃酸过多引起的不适，对部分慢性萎缩性胃炎患者适用。
胃黏膜保护剂
铋剂：像枸橼酸铋钾，它可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，隔绝胃酸、胃蛋白酶等对胃黏膜的损伤，还能杀灭幽门螺杆菌，对慢性萎缩性胃炎伴有幽门螺杆菌感染的患者有一定帮助。铝碳酸镁：能中和胃酸，同时还可以吸附胆汁，保护胃黏膜，缓解胃部的胀痛、烧心等症状，对于有胆汁反流情况的慢性萎缩性胃炎患者较为合适。
促胃肠动力药
多潘立酮：可以促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状，对于慢性萎缩性胃炎伴有胃肠动力不足的患者有改善作用。莫沙必利：同样是促胃肠动力药，能促进胃肠道的运动，增强食管、胃和小肠的蠕动，有助于改善慢性萎缩性胃炎患者的消化功能，减轻腹胀等不适症状。
针对幽门螺杆菌的药物
如果慢性萎缩性胃炎伴有幽门螺杆菌感染，通常需要进行四联疗法，即一种质子泵抑制剂+两种抗生素+一种铋剂。抗生素常用阿莫西林、克拉霉素等，但要注意抗生素的使用需要根据患者的具体情况和耐药情况来选择，比如阿莫西林过敏的患者就不能使用，需换用其他合适的抗生素。