慢性萎缩性胃炎的治疗药物需根据具体情况选择，一般常用药物包括抑酸剂、胃黏膜保护剂等。例如，质子泵抑制剂是常用的抑酸药物，像奥美拉唑等，能有效减少胃酸分泌，缓解因胃酸过多引起的不适，通常疗程可能需要4~8周左右。
抑酸类药物
质子泵抑制剂：这类药物能强力抑制胃酸分泌，常见的有奥美拉唑、兰索拉唑等。它们通过特异性地作用于胃黏膜壁细胞，阻断胃酸分泌的最后步骤，从而减轻胃酸对胃黏膜的刺激，一般适用于胃酸分泌过多导致胃痛、反酸等症状明显的患者。H₂受体拮抗剂：如雷尼替丁、法莫替丁等。它能竞争性地阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌，作用相对质子泵抑制剂稍弱，但也可用于缓解慢性萎缩性胃炎引起的胃酸相关症状，疗程一般也需要一定时间来控制病情。
胃黏膜保护剂
铋剂：像枸橼酸铋钾，它可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，隔离胃酸、胃蛋白酶及有害物质对胃黏膜的侵蚀，还能促进胃黏膜的修复和愈合，通常需要连续服用一段时间来发挥作用。铝碳酸镁：能中和胃酸，同时吸附胆汁，对胃黏膜有保护作用，服用后可以快速缓解胃痛、胃胀等不适症状，而且安全性相对较高，可按需服用来改善胃部不适情况。
促进胃动力药物
多潘立酮：可以促进胃肠道蠕动，加快胃排空，缓解慢性萎缩性胃炎患者常出现的腹胀、早饱等消化不良症状。一般在饭前半小时左右服用，能较好地发挥促进胃动力的作用。莫沙必利：也是常用的促胃肠动力药，它通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5-羟色胺受体，促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善患者的消化功能，对于缓解慢性萎缩性胃炎伴随的消化不良表现有一定帮助。