肉苁蓉在正常应用下一般副作用较少，但部分人群使用可能出现以下情况：
胃肠道不适
部分人服用肉苁蓉后可能出现胃肠道反应，如腹泻。这是因为肉苁蓉具有一定的润肠通便作用，对于胃肠道较为敏感或本身有腹泻倾向的人群，过量服用可能会加重肠道蠕动，导致腹泻发生。例如一些本身脾胃虚寒、消化功能较弱的人群，在未遵医嘱过量服用肉苁蓉时，更容易出现这种胃肠道不适症状。
与其他药物相互作用风险
如果正在服用其他药物，肉苁蓉可能与之发生相互作用。比如正在服用降压药的人群，肉苁蓉有一定的降血压作用，同时服用可能导致血压过低，影响身体健康；对于正在服用抗凝药物的人群，肉苁蓉的某些成分可能会影响凝血功能，增加出血风险。这是因为肉苁蓉中的某些活性成分可能会干扰其他药物在体内的代谢或作用机制。
特殊人群需注意
孕妇：孕妇属于特殊人群，目前虽没有大量明确的研究表明肉苁蓉对孕妇绝对安全，但从安全角度考虑，孕妇服用肉苁蓉可能存在一定风险，可能影响胎儿的正常发育，所以孕妇应避免自行服用肉苁蓉。
儿童：儿童的身体机能尚未发育完善，对药物的耐受性和反应与成人不同，肉苁蓉对于儿童的安全性和合适剂量等缺乏足够的临床研究支持，为避免对儿童身体造成潜在不良影响，一般不建议儿童服用肉苁蓉。
脾胃虚弱者：本身脾胃虚弱的人群，其消化吸收功能相对较差，肉苁蓉的润肠通便等作用可能会进一步加重脾胃的负担，导致消化不良等症状加重，这类人群在使用肉苁蓉时需要格外谨慎，最好在医生指导下根据自身情况权衡利弊后再决定是否使用。