肉苁蓉一般按正确用法用量使用时副作用较少，但部分人群可能出现一些不适情况：
胃肠道反应
可能表现：少数人服用肉苁蓉后可能出现胃肠道不适，如腹泻。这是因为肉苁蓉具有一定的滑肠作用，对于胃肠道功能较为敏感或本身就有泄泻倾向的人群，在过量服用或不恰当服用时，可能会导致肠道蠕动加快，从而引起腹泻。例如一些本身脾胃虚寒、大便溏薄的人群，如果服用肉苁蓉剂量过大，就更容易出现这种情况。
与其他药物相互作用风险
药物相互影响：肉苁蓉若与某些药物同时使用可能产生相互作用。比如与泻药同时服用时，会增强泻药的泻下作用，可能导致腹泻等症状加重。因为肉苁蓉本身有一定的通便作用，再与其他具有泻下功效的药物合用，会使肠道蠕动过度。对于正在服用其他药物的人群，在使用肉苁蓉前应咨询医生，以评估可能存在的药物相互作用风险。
特殊人群需谨慎
孕妇：孕妇属于特殊人群，由于肉苁蓉有一定的滑肠作用，可能会刺激子宫，增加流产的风险，所以孕妇应避免服用肉苁蓉。
儿童：儿童的身体机能尚未发育完全，对药物的耐受性和反应与成人不同，肉苁蓉可能会对儿童尚未成熟的胃肠道等系统产生未知的影响，所以一般不建议儿童服用肉苁蓉。
低血压人群：肉苁蓉有一定的降低血压的作用，对于本身就患有低血压的人群，服用后可能会使血压进一步降低，导致头晕、乏力等不适症状加重，这类人群在使用肉苁蓉前应谨慎权衡利弊。