13价肺炎疫苗常见的不良反应包括局部反应、全身反应以及罕见的严重过敏反应等。一般来说，大部分不良反应比较轻微，多在接种后短期内出现。
局部反应情况
注射部位红肿：接种13价肺炎疫苗后，约有一定比例的接种者会出现注射部位红肿的情况，通常红肿范围较小，直径多在2 - 5厘米左右，一般在接种后1 - 2天内出现，多数可在2 - 3天内自行消退。注射部位疼痛：不少接种者会感到注射部位疼痛，这种疼痛一般为轻度至中度，大多在接种后数小时内出现，1 - 2天内可缓解。
全身反应表现
发热：接种后可能出现发热症状，一般为低热，体温多在37.5 - 38.5℃之间，这种低热情况较为常见，通常在接种后1 - 2天内出现，持续时间一般不超过2天。烦躁不安：部分婴幼儿接种后可能会出现烦躁不安的表现，可能与身体的不适感觉有关，一般随着身体对疫苗反应的消退，烦躁不安的情况也会逐渐改善。
罕见严重反应
严重过敏反应：虽然非常罕见，但也有可能出现严重过敏反应，如呼吸困难、面色苍白、口唇发紫、抽搐等。一旦出现严重过敏反应，需要立即进行急救处理。例如，出现呼吸困难时要保持呼吸道通畅，及时注射肾上腺素等急救药物进行抢救。不过这种严重过敏反应的发生概率极低，据相关统计，每百万次接种中可能仅有数次发生。需要注意的是，大多数不良反应是暂时的，家长们不必过于恐慌。但如果接种后出现持续高热不退（体温超过38.5℃且持续超过2天）、注射部位红肿范围进行性增大（直径超过5厘米）、精神状态极度萎靡等异常情况，应及时带孩子就医。同时，对于有过敏史等特殊情况的儿童，在接种13价肺炎疫苗前要如实告知医生，由医生评估是否可以接种以及接种后的注意事项。