13价肺炎疫苗是预防肺炎球菌性疾病的有效疫苗，但部分人接种后可能出现不良反应。一般来说，大多数不良反应较轻微，多在接种后1-2天内出现。
局部不良反应
注射部位疼痛：接种后，约少数人会出现注射部位疼痛，一般程度较轻，通常1-2天可自行缓解。注射部位红肿：也有部分人会出现注射部位红肿，红肿范围一般较小，直径多在2.5厘米以内，同样多数在1-2天内逐渐消退。
全身不良反应
发热：接种后可能出现发热情况，多数为低热，体温一般在37.5℃-38.5℃之间，持续时间多不超过24小时。不过也有少数人可能出现中热，体温在38.5℃-39℃之间，但一般也会在1-2天内恢复正常。哭闹不安：部分婴幼儿接种后可能会出现哭闹不安的情况，这可能与身体的不适感觉有关，一般随着身体恢复，哭闹会逐渐减少。
罕见不良反应
过敏反应：虽然非常罕见，但也有个别人可能对接种的成分发生过敏反应，表现为皮疹、瘙痒、呼吸困难等。一旦出现过敏反应，需立即就医进行相应治疗。嗜睡：极个别接种者可能会出现嗜睡症状，但这种情况发生概率极低，若出现嗜睡且持续时间较长或伴有其他异常表现，也应及时就医评估。