灰指甲根治需要综合治疗，口服抗真菌药是常用方法，如伊曲康唑，一般采用冲击疗法，一个疗程可能需要连续服用数周，但具体疗程需根据病情而定。
口服抗真菌药种类
伊曲康唑：属于三唑类抗真菌药物，它可以抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。通常采用间歇冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。特比萘芬：是烯丙胺类抗真菌药，能特异性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥杀菌作用。一般连续服用的时间相对较短，对于指甲感染，通常需要连续服用6 - 12周左右。
外用药物辅助治疗
阿莫罗芬搽剂：可以在指甲表面形成药膜，持续释放药物，抑制真菌生长。每周使用1 - 2次，一般需要连续使用数月，才能达到较好的效果。使用时要先清洁病甲，然后均匀涂抹在病甲及周围皮肤上。环吡酮胺乳膏：通过改变真菌细胞膜的完整性，影响其代谢过程来发挥抗真菌作用。可以直接涂抹在病甲上，每天1 - 2次，坚持使用一段时间。
日常注意事项
保持足部干燥：真菌容易在潮湿环境中生长繁殖，所以要经常换穿透气的鞋子，每天更换袜子，保持足部干燥。比如，每天至少更换一次袜子，选择透气性好的运动鞋或布鞋。避免共用物品：不要与他人共用拖鞋、脚盆、指甲刀等物品，防止交叉感染。例如，家庭中其他人也要注意个人物品的单独使用，避免接触到患者的真菌。定期修剪病甲：定期适当修剪病甲，但要注意避免过度修剪造成甲周组织损伤。修剪时使用专用的指甲刀，修剪后要对指甲刀进行消毒处理。