肌肉萎缩的原因有多种。其中神经源性因素是常见原因之一，像运动神经元病，这是一种慢性进行性神经退行性疾病，发病后会逐渐出现肌肉萎缩、无力等症状；还有脊髓空洞症，它会影响脊髓内的神经结构，导致相应支配区域的肌肉发生萎缩。
废用性肌肉萎缩
长期不活动或肢体固定，比如骨折后长时间石膏固定的患者，由于肌肉得不到有效的运动刺激，就会发生废用性萎缩。一般来说，长期制动超过1个月，肌肉就可能出现明显的萎缩现象。另外，瘫痪患者也是如此，因为肢体无法正常活动，肌肉缺乏运动，会逐渐变得萎缩无力。
肌源性肌肉萎缩
肌肉本身的疾病也会引起肌肉萎缩，例如进行性肌营养不良症，这是一组遗传性肌肉变性疾病，多在儿童期发病，病情会逐渐进展，导致肌肉萎缩、无力。还有多发性肌炎，是一种自身免疫性疾病，肌肉会出现炎症、变性，进而引发萎缩。患者通常会有肌肉疼痛、无力，随后出现肌肉萎缩的表现。
营养性肌肉萎缩
营养不良也可能导致肌肉萎缩。比如蛋白质 - 能量营养不良，当身体长期缺乏足够的蛋白质等营养物质时，肌肉的生长和维持就会受到影响，从而出现萎缩。还有一些由于胃肠道疾病导致营养吸收障碍的情况，也会引发肌肉萎缩，患者可能会伴有消瘦、乏力等营养不良的表现。