治疗鼻窦炎并没有所谓的“特效药”，需根据病情类型等选择合适药物。一般来说，急性鼻窦炎常需用抗生素等药物，慢性鼻窦炎可能会用到鼻用糖皮质激素等。
抗生素类药物
细菌性鼻窦炎常用：对于细菌感染引起的急性鼻窦炎，常用青霉素类抗生素，如阿莫西林等，一般疗程可能在7-10天左右。不过，使用前需注意是否有青霉素过敏史，有过敏史者不能使用。头孢类抗生素：像头孢呋辛酯等也是治疗细菌性鼻窦炎常用的药物，对多种细菌有抑制作用，但同样要注意过敏情况，且儿童使用时需根据体重等调整剂量，一般不建议过敏体质者随意使用。
鼻用糖皮质激素
减轻鼻腔炎症：糠酸莫米松鼻喷雾剂就是常用的鼻用糖皮质激素，它能减轻鼻腔黏膜的炎症反应、肿胀等情况，一般建议成人使用，儿童使用需在医生指导下谨慎应用，使用时要注意正确的喷鼻方法，避免药物进入口腔等。布地奈德鼻喷雾剂：也可用于鼻窦炎的治疗，能缓解鼻塞、流涕等症状，但孕妇使用需权衡利弊，哺乳期女性使用时要咨询医生，因为药物可能会通过乳汁影响婴儿。
黏液促排剂
促进黏液排出：桉柠蒎肠溶软胶囊属于黏液促排剂，它可以促进鼻腔和鼻窦内黏液的排出，改善鼻腔通气。一般建议用温水送服，且饭前半小时用凉开水送服效果较好，不过胃肠道功能较差的人可能会有胃肠道不适等反应，需注意观察。标准桃金娘油肠溶胶囊：同样能起到促进黏液排出的作用，儿童使用时要根据年龄调整剂量，比如儿童一般是较小剂量服用，使用过程中要注意药物的储存条件，需密封，在阴凉处保存等。