目前并没有所谓的“特效药”能完全根治鼻窦炎，但可以通过药物缓解症状。一般常用的药物有抗生素、鼻用糖皮质激素等。比如急性细菌性鼻窦炎可能会用到抗生素，像阿莫西林克拉维酸钾等；鼻用糖皮质激素如布地奈德鼻喷雾剂等能减轻鼻腔炎症反应。
一、抗生素类药物
青霉素类抗生素： 如果是细菌感染引起的鼻窦炎，青霉素类中的阿莫西林在不过敏的情况下可使用，它能抑制细菌细胞壁合成来发挥抗菌作用。不过对青霉素过敏者不能用。头孢类抗生素： 头孢呋辛酯也是常用于鼻窦炎治疗的头孢类药物，对多种细菌有抗菌活性，能针对引起鼻窦炎的常见致病菌发挥作用，但使用前要确认无头孢类药物过敏史。
二、鼻用糖皮质激素
糠酸莫米松鼻喷雾剂： 它可以减轻鼻黏膜的炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状，一般成人及青少年常用，使用时要按照正确方法喷鼻。丙酸氟替卡松鼻喷雾剂： 同样属于鼻用糖皮质激素，能有效减轻鼻腔的炎症水肿，对于鼻窦炎导致的鼻腔不适有改善作用，使用时需注意正确操作。
三、黏液溶解促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 能促进鼻腔和鼻窦黏膜纤毛活动，使黏液易于排出，帮助改善鼻窦的引流情况，从而缓解鼻窦炎相关症状，成人和儿童（需根据年龄和体重等情况遵医嘱）都可能会用到。标准桃金娘油肠溶胶囊： 也有促进黏液排出的作用，可用于鼻窦炎的辅助治疗，服用时一般用温水送服。