生化妊娠是指精子和卵子结合形成受精卵，但受精卵未成功在子宫着床的情况，其原因有多种。据统计，大约50%-60%的生化妊娠与胚胎自身因素有关。
胚胎自身因素
染色体异常： 这是导致生化妊娠较常见的原因。受精卵在发育过程中，如果染色体出现数目异常（如多一条染色体或少一条染色体）或结构异常，就难以正常着床。比如21-三体综合征等染色体数目异常疾病，会影响胚胎的正常发育，进而导致生化妊娠发生。基因缺陷： 胚胎的基因存在缺陷，也会影响其着床能力。基因缺陷可能是在精子或卵子形成过程中发生突变导致的，使得胚胎从一开始就不具备良好的着床和发育潜力，从而引发生化妊娠。
母体因素
子宫因素： 子宫是受精卵着床的场所，如果子宫存在异常，就会影响着床。例如子宫内膜厚度不合适，一般来说子宫内膜厚度在8-12毫米时较利于受精卵着床，如果子宫内膜过薄（低于8毫米）或过厚（超过12毫米），都可能影响受精卵着床，导致生化妊娠。又如子宫内膜息肉、子宫肌瘤等子宫器质性病变，会改变子宫内环境，阻碍受精卵着床。内分泌因素： 女性体内的内分泌激素水平对受精卵着床至关重要。比如黄体功能不全，黄体分泌的孕激素不足，会使得子宫内膜分泌反应不良，不利于受精卵着床。一般来说，黄体期孕激素水平低于正常值，就可能增加生化妊娠的风险。另外，甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退或亢进都会干扰体内激素平衡，影响胚胎着床。
免疫因素
自身免疫异常： 母体的自身免疫系统如果出现异常，可能会攻击受精卵，导致着床失败。比如存在抗磷脂抗体综合征，抗磷脂抗体可与体内磷脂结合，干扰胎盘的形成和功能，影响受精卵着床，引发生化妊娠。同种免疫因素： 母体对胚胎的免疫排斥反应也可能导致生化妊娠。母体免疫系统不能识别胚胎为“自身组织”，从而产生免疫排斥，使得受精卵无法在子宫内正常着床发育。
其他因素
生活方式： 一些不良生活方式也可能增加生化妊娠的风险。比如长期吸烟的女性，香烟中的尼古丁等有害物质会影响卵子和精子的质量，还会干扰子宫内环境，不利于受精卵着床。过度饮酒的女性，酒精会对生殖系统产生不良影响，影响胚胎发育，增加生化妊娠几率。环境因素： 长期接触某些有毒有害物质，如苯、甲醛等化学物质，或者处于辐射环境中，都可能影响受精卵的着床和发育，导致生化妊娠发生。