生化妊娠的原因主要有以下几点：
1.受精卵本身有缺陷：
一般认为胚胎染色体异常可能是导致生化妊娠的主要原因。怀孕前三个月早期流产中，有超过50%的流产原因是染色体异常。
自然流产中，其中50%~60%是由于胚胎染色体异常引起的。
2.卵巢黄体功能不全：
黄体功能不全可影响受精卵在子宫内的着床。
为了让受精卵更好地着床，女性的黄体需要分泌足够的孕激素。
3.子宫因素：
子宫发育不良、子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等影响受精卵着床。
4.免疫因素：
近年来对免疫因素的研究，认为有两种免疫情况影响受孕。
同种免疫：精子、精浆或受精卵是抗原物质，被阴道及子宫上皮吸收后，通过免疫反应产生抗体物质，使精子与卵子不能结合或受精卵不能着床。
自身免疫：认为不孕妇女血清中存在透明带自身抗体，与透明带起反应后可防止精子穿透卵子，因而阻止受精。
5.精神过度紧张：
尤其是因未孕而严重的焦虑，心理压力过大。