支原体感染可以通过多种检查方法来确诊，常见的有以下几种。首先，核酸检测是比较常用的方法，比如实时荧光定量PCR技术，能在较短时间内（一般数小时到一天内）检测出样本中是否存在支原体的核酸，灵敏度和特异性都比较高。
病原体培养检查
样本采集： 对于呼吸道支原体感染，常采集咽拭子、痰液等样本；如果是泌尿生殖道支原体感染，会采集尿道拭子、宫颈分泌物等样本。培养时间： 支原体培养需要一定时间，一般需要2 - 3天才能观察到是否有支原体生长，但培养法的准确性相对较高，能明确支原体的种类。
血清学检查
抗体检测： 常用的有补体结合试验、间接血凝试验等。一般来说，感染支原体后，机体产生抗体需要一定时间，比如IgM抗体通常在感染后1周左右出现，可作为早期感染的诊断指标；IgG抗体出现稍晚，但持续时间较长。通过检测血清中抗体的水平变化，若抗体滴度呈4倍及以上升高，对诊断支原体感染有重要意义。例如，双份血清IgG抗体滴度升高4倍以上，提示近期有支原体感染。
影像学检查
胸部X线或CT： 当支原体引起肺部感染时，胸部X线或CT检查可能会有异常表现。比如间质性肺炎的患者，胸部X线可显示肺部纹理增多、模糊，呈网状或片状阴影；CT检查可能能更清晰地看到肺部病变的细节，有助于辅助诊断支原体肺炎，但单独影像学检查不能确诊，还需要结合其他检查综合判断。