新生儿心肌酶高可能由多种原因引起。一般来说，新生儿心肌酶高常见于心肌损伤等情况，比如有研究发现，约有一定比例的新生儿在出生过程中可能因缺氧等因素导致心肌受到影响，从而出现心肌酶升高。
一、围生期因素导致
胎儿缺氧： 在分娩过程中，如果胎儿发生缺氧情况，比如脐带绕颈时间过长、胎盘功能异常等，就可能影响心肌细胞，导致心肌酶释放进入血液，引起心肌酶升高。一般这种情况多发生在分娩过程中或产前。早产因素： 早产儿由于各器官发育尚不成熟，尤其是心肌组织，更容易受到不良因素影响，出现心肌酶高的情况。早产儿的心肌细胞功能相对较弱，对缺氧、感染等刺激的耐受能力差，容易引发心肌损伤，进而使心肌酶升高。
二、感染因素导致
病毒感染： 如柯萨奇病毒、风疹病毒等感染，可侵犯新生儿心肌，引起心肌炎症反应，导致心肌细胞受损，心肌酶释放入血。新生儿免疫系统不完善，容易受到病毒侵袭，若感染了相关病毒，就可能出现心肌酶高的情况。细菌感染： 一些严重的细菌感染，如败血症等，也可能影响心肌，导致心肌酶升高。细菌产生的毒素等物质可损伤心肌组织，使得心肌酶水平异常。
三、其他因素导致
先天性心脏病： 患有先天性心脏病的新生儿，心脏结构或功能存在异常，会影响心肌的正常代谢和功能，从而导致心肌酶升高。例如室间隔缺损等先天性心脏病患儿，心肌长期处于负荷异常状态，容易出现心肌损伤，引起心肌酶高。代谢性疾病： 某些代谢性疾病也可能累及心肌，导致心肌酶升高。比如糖原累积症等代谢性疾病，会影响心肌的能量代谢，造成心肌细胞损伤，进而使心肌酶水平上升。