怀孕初期同房后肚子隐隐作痛的原因可分为生理性和病理性。具体如下：
一、生理性原因
怀孕初期同房时可能因力度过大、时间过长或孕妇情绪过于兴奋等，导致子宫收缩，从而引起肚子只是轻微的隐隐作痛。这种情况无需治疗，只需适当休息并缓解情绪就能改善。
二、病理性原因
怀孕初期胚胎在子宫腔内着床不太稳定，此期间同房受到外力冲击后，可能出现孕囊与子宫蜕膜剥脱，诱发先兆流产，进而导致肚子隐隐作痛。可遵医嘱服用地屈孕酮片或肌肉注射黄体酮进行治疗。必要时需到医院进一步处理。
怀孕初期要格外注意身体状况，短期内尽量避免剧烈运动，还要定期到医院做产检，以了解胎儿发育情况。总之，怀孕初期同房后出现肚子隐痛要重视，分清原因并采取恰当的处理措施。