小儿发烧39度手脚冰凉的原因主要有以下两种：一是体温处于上升期，二是植物神经紊乱。
一、体温处于上升期：当处于发热体温上升期时，孩子的末梢循环变差，从而出现手脚发凉的现象，并且孩子还会表现出寒战、畏寒等情况。对此可采取以下解决方法：
1.可在医生指导下使用退热药物，主要包括布洛芬类退烧药（如布洛芬混悬液等）或者对乙酰氨基酚类退烧药（如对乙酰氨基酚滴剂等），要是口服药物困难或是有明显呕吐、不能正常进食，可选择布洛芬栓或者对乙酰氨基酚栓。
2.家长可为孩子进行物理降温，用温水擦拭腋窝、腘窝、腹股沟等部位，也可以给孩子洗温水澡或者进行额头冷敷。
二、植物神经紊乱：调节周围血管的植物神经因发热而出现紊乱，导致周围血管痉挛收缩、闭塞，血供减少，进而引发手脚冰冷。解决办法如下：
1.应适当给手脚进行捂热，以促进血管打开，同时可在医生指导下通过药物控制体温，比如使用布洛芬来降温。
2.注意做好手脚的保温工作，比如用热水泡一泡脚、泡一泡手，或者在局部给孩子盖好被子，做好保暖，这样既能起到退烧的作用，又能缓解孩子手脚冰凉的情况。
总之，当小儿发烧39度且手脚冰凉时，要根据具体情况采取相应的措施来缓解症状和控制体温，若情况持续不缓解或加重，应及时就医。