怀孕两个月流褐色分泌物，多考虑是先兆流产、胚胎着床出血或宫外孕等情况。一般来说，怀孕两个月流褐色分泌物可能由多种原因导致。
先兆流产引起
胚胎因素： 如果胚胎染色体异常，就容易出现先兆流产，导致阴道流褐色分泌物。这种情况在早期妊娠中比较常见，据统计，约50%的先兆流产与胚胎染色体异常有关。母体因素： 孕妇自身有全身性疾病，像严重感染、高热等，会影响胚胎发育，引发流褐色分泌物；孕妇内分泌异常，比如黄体功能不全，孕激素分泌不足，不能很好地维持妊娠，也会出现这种情况。
胚胎着床出血导致
怀孕后，受精卵着床时可能会有少量出血，表现为褐色分泌物，一般量比较少，持续时间较短，可能1 - 2天就会缓解，这是一种比较常见的生理现象。
宫外孕造成
输卵管妊娠： 是最常见的宫外孕类型。由于输卵管管壁薄，受精卵着床后生长发育会使输卵管破裂，引起出血，血液排出时就可能表现为褐色分泌物，同时还可能伴有腹痛等症状。宫外孕一旦发生破裂，会导致大量腹腔内出血，严重时可危及生命。当怀孕两个月出现流褐色分泌物时，孕妇要保持冷静，避免过度紧张。首先要及时就医，通过超声检查、血hCG（人绒毛膜促性腺激素）等检查来明确原因。如果是先兆流产，需要根据具体情况进行保胎治疗；如果是宫外孕，要根据病情采取相应的治疗措施，如保守治疗或手术治疗等。同时，孕妇要注意休息，避免剧烈运动和性生活。