怀孕两个月流褐色分泌物的原因主要有以下几种：
一、先兆流产：主要表现为阴道有少量褐色分泌物出现，之后可能会伴有阵发性下腹痛或腰痛。进行体格检查时，子宫大小与孕周相符。应遵医嘱休息并服用如黄体酮等药物来保胎。经过治疗后症状消失的患者可以继续妊娠。但如果症状加重或者超声显示胚胎发育不良，建议患者终止妊娠。
1.具体症状表现：阴道少量棕色分泌物，阵发性下腹痛或腰痛。
2.检查情况：子宫大小与孕周一致。
3.治疗措施：按医生建议休息和服用药物。
4.后续情况：症状消失可继续妊娠，症状恶化或胚胎发育不良则终止妊娠。
二、宫颈炎：
1.宫颈息肉：在妊娠早期同房后可导致接触性出血，阴道内少量出血积聚后逐渐变成褐色分泌物，可通过妇科检查确定。需要及时切除并送病理检查。
(1)引发原因：妊娠早期同房。
(2)表现：接触性出血，后变成褐色分泌物。
(3)检查方式：妇科检查。
(4)处理方法：及时切除并送病理检查。
2.慢性宫颈炎：因宫颈糜烂样改变也会引发阴道褐色分泌物。
(1)原因：慢性宫颈炎。
(2)表现：阴道褐色分泌物。
对于怀孕两个月流褐色分泌物的患者，要做好生活护理，平时多注意休息，稳定好情绪，避免过于激动。同时要及时去医院产科就诊，以防出现意外情况。总之，当出现这种情况时，要及时就医检查明确原因，并根据具体情况进行相应治疗和处理。