天生黑眼圈主要与遗传因素、眼周结构及色素分布有关。据相关研究，约30% - 50%的黑眼圈受遗传影响，家族中有黑眼圈遗传史的人更易出现天生黑眼圈。
遗传因素导致
家族遗传基因： 如果家族中的长辈有明显的黑眼圈，那么后代遗传的概率较大。因为基因会影响眼周皮肤的色素沉着以及血管分布等情况，使得眼周更容易呈现出深色的外观。比如父母双方都有天生黑眼圈，子女出现天生黑眼圈的几率会相对更高。眼周皮肤结构： 有些人天生眼周皮肤较薄，皮下的血管颜色更容易透露出来，从外观上看就像是黑眼圈。这是由于遗传决定了眼周皮肤的厚度等结构特点，薄的皮肤无法很好地遮盖皮下的血管颜色，从而使黑眼圈更为明显。
眼周血管因素
血管分布特点： 部分人天生眼周的血管分布较为丰富，尤其是眼轮匝肌周围的血管。当血管中的血液流动等情况使得血管颜色更容易被看到时，就会形成类似黑眼圈的表现。例如眼周血管相对表浅，在光线照射下，就会显得眼周颜色较深。血管血流速度： 遗传也可能影响眼周血管的血流速度，若血流速度相对较快，可能会让眼周的血液充盈度有所不同，进而导致黑眼圈的出现。比如某些遗传因素使得眼周血管的血流动力学特点与常人不同，使得眼周看起来有黑眼圈的迹象。
色素沉着相关
黑色素细胞活性： 天生的黑眼圈可能与眼周黑色素细胞的活性有关。遗传决定了黑色素细胞的功能状态，若黑色素细胞活性较高，就会产生更多的黑色素，导致眼周皮肤色素沉着增加，形成黑眼圈。比如家族性的黑色素细胞代谢特点使得眼周黑色素沉积增多。色素分布不均： 遗传因素还可能导致眼周皮肤的色素分布不均匀，使得部分区域颜色较深，呈现出类似黑眼圈的状况。这种不均匀的色素分布是由遗传决定的皮肤色素代谢特性所导致的，从而造成天生黑眼圈的外观。