怀孕12周肚子隐隐作痛可能由多种原因引起。比如子宫增大引起的牵拉痛，这是比较常见的情况，子宫在怀孕12周时逐渐增大，会对周围的组织和韧带产生牵拉，从而导致肚子隐隐作痛。
生理性原因导致的隐痛
子宫增大牵拉： 怀孕12周时，子宫开始明显增大，一般从盆腔逐渐升入腹腔，这个过程中，子宫周围的韧带会受到牵拉，就可能出现肚子隐隐作痛的情况，这种疼痛通常比较轻微，不伴有其他异常症状。激素变化影响： 怀孕后体内激素水平发生变化，孕激素水平升高，会使子宫平滑肌松弛，同时也可能对周围组织产生一定影响，部分孕妇会出现肚子隐隐不适的感觉。
病理性原因导致的隐痛
先兆流产： 如果肚子隐隐作痛伴有阴道少量流血，就要警惕先兆流产的可能。这是因为胚胎着床不稳定等原因，导致子宫收缩，引起腹部隐痛。宫外孕： 虽然宫外孕在怀孕12周相对少见，但也有发生的可能。如果是输卵管妊娠等宫外孕情况，也可能出现下腹隐痛，还可能伴有不规则阴道流血等症状。肠道问题： 孕妇本身的肠道疾病也可能引起肚子隐痛，比如肠炎。饮食不当、细菌感染等都可能导致肠道炎症，出现腹痛症状，可能还会伴有腹泻、恶心等表现；或者是肠痉挛，腹部着凉、进食过多生冷食物等都可能引起肠痉挛，导致肚子隐隐作痛。泌尿系统问题： 孕期泌尿系统发生变化，比如输尿管受压迫等，可能引发泌尿系统感染或结石，也会出现肚子隐痛，可能还会伴有尿频、尿急、尿痛等症状。当怀孕12周出现肚子隐隐作痛时，孕妇要密切观察疼痛的程度、持续时间以及是否伴有其他症状。如果疼痛持续不缓解或加重，或者伴有阴道流血、头晕等异常情况，应及时就医，进行相关检查，如超声检查、血HCG和孕酮检测等，以明确原因，并采取相应的处理措施。