巴氏腺囊肿较小且无症状时，可先观察，若囊肿较大或反复感染等情况则需采取相应处理措施。一般来说，巴氏腺囊肿的处理方式有多种，下面来详细介绍。
观察等待情况
如果巴氏腺囊肿比较小，直径通常在3厘米以内，而且没有明显的疼痛、红肿等不适症状，这时候可以选择观察等待。要注意保持外阴清洁，每天用清水清洗外阴，避免穿过紧的裤子，减少局部摩擦。不过要定期复查，观察囊肿的变化情况。
药物治疗方面
当巴氏腺囊肿出现感染迹象，比如局部有红肿、疼痛，甚至伴有发热等症状时，需要进行药物治疗。抗生素使用：可以根据情况使用抗生素，常用的有头孢类抗生素等，通过口服或静脉滴注来控制感染。一般需要使用抗生素3 - 5天左右来缓解炎症症状，但药物使用需在医生指导下进行，因为要根据感染的严重程度和个体情况来选择合适的抗生素。
手术治疗情况
- 造口术：如果巴氏腺囊肿反复发作，或者囊肿直径较大，影响生活，这时候可能需要进行造口术。造口术可以保留巴氏腺的功能。手术一般在局部麻醉下进行，术后要注意保持外阴清洁，定期换药，一般伤口在1 - 2周左右可以愈合。
- 囊肿切除术：对于少数情况特别严重，多次复发的巴氏腺囊肿，可能会考虑囊肿切除术。但这种手术相对造口术来说，对巴氏腺功能的影响更大一些，术后要注意预防感染等并发症。不过囊肿切除术比较少用，通常先尝试造口术等相对保守的手术方式。