结肠炎的药物治疗需根据类型来选择，一般来说，常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。例如轻中度溃疡性结肠炎常用美沙拉嗪等氨基水杨酸制剂，一般规范用药能较好控制症状，但具体见效时间因个体差异不同。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，适用于轻中度结肠炎。它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症介质的产生。美沙拉嗪： 局部作用于肠道炎症黏膜，抗炎效果较好，能缓解结肠炎引起的腹泻、腹痛等症状，对肠道刺激性相对较小。
糖皮质激素药物
泼尼松： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度及重度结肠炎患者可使用。它能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有副作用，如骨质疏松、感染风险增加等。氢化可的松： 可用于急性发作期的重度结肠炎患者，一般通过静脉给药，能快速发挥抗炎作用，但使用时需密切监测不良反应。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者，起效相对较慢，通常需要数月才能看到明显效果，可抑制免疫系统过度反应来减轻肠道炎症。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制类似，也是通过调节免疫来缓解结肠炎症状，用药过程中需要定期监测血常规等指标，以防出现骨髓抑制等不良反应。
生物制剂类药物
英夫利昔单抗： 对于重度难治性结肠炎有较好疗效，通过特异性结合肿瘤坏死因子-α发挥作用，能快速改善症状，但这类药物价格相对较高，且可能会增加感染等风险。