结肠炎的治疗药物需根据类型选择，一般来说，炎症性肠病中的溃疡性结肠炎常用氨基水杨酸制剂，如柳氮磺吡啶，约70%的轻中度患者使用后能在数周内看到症状改善。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，它在肠道内分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸可以抑制炎症反应。适用于轻中度溃疡性结肠炎患者，能缓解腹痛、腹泻等症状。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸类药物，有口服剂型和栓剂、灌肠剂等局部剂型。口服美沙拉嗪可用于治疗各期溃疡性结肠炎；栓剂和灌肠剂适用于直肠和乙状结肠部位的结肠炎，局部作用于肠道炎症部位，起效相对较快，能直接减轻局部的炎症反应。
糖皮质激素类药物
泼尼松： 属于全身用糖皮质激素，对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度活动性结肠炎患者适用。它可以迅速减轻炎症反应，缓解症状，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、感染风险增加等，所以一般在病情较重时短期使用。布地奈德： 是局部作用的糖皮质激素，主要用于治疗轻中度左半结肠型溃疡性结肠炎。它在肠道局部发挥抗炎作用，全身副作用相对较小，因为它首先经过肝脏首过代谢，进入全身循环的药量较少。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素治疗无效的慢性活动性结肠炎患者。它通过抑制免疫反应来发挥作用，一般需要数周甚至数月才能起效，在使用过程中需要定期监测血常规、肝功能等指标，因为可能会引起骨髓抑制、肝损伤等副作用。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制相似，可用于治疗结肠炎。它也需要长期服用来维持病情缓解，同样要注意监测血常规和肝功能等，部分患者使用后可能出现白细胞减少等情况。