阴茎上长出小疙瘩的处理方式包括做好阴茎卫生护理，以及根据具体情况选择药物治疗、物理治疗、手术治疗等。具体如下：
一、阴茎卫生护理：阴茎上出现小疙瘩后，做好卫生护理有助于病情恢复和治疗。比如用温水清洗阴茎，保持阴茎清洁；还要勤换洗内衣裤。
二、药物治疗：
1.若为阴茎毛囊炎和包皮炎引起，可遵医嘱使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等，有较好疗效。
2.若是真菌感染导致，则可在医生指导下使用盐酸特比萘芬散、氟康唑等药物进行治疗。
三、物理治疗：针对HPV感染引起的症状，可依据医生建议进行物理治疗，如冷冻治疗、激光治疗等，有较为明显的效果。
四、手术治疗：
1.可进行手术切除，如对于某些肿物。
2.或进行手术植皮等。
阴茎上长小疙瘩的注意事项：
1.应及时前往医院检查，并进行相应处理和治疗。
2.在生活中要做好阴茎的卫生清洁工作。
3.治疗期间保持饮食清淡健康，同时避免性生活。
总之，当发现阴茎上长小疙瘩后，要重视并及时采取恰当的措施进行处理和治疗，同时注意相关事项。