口腔溃疡的治疗药物有多种，局部用药方面，常见的有西瓜霜喷剂，一般喷后能在一定程度上缓解疼痛、促进溃疡愈合，通常一天可使用数次。
局部治疗药物
含漱剂： 如氯己定含漱液，它能杀灭口腔内的细菌，抑制菌斑形成，对口腔溃疡有一定的辅助治疗作用，每天可使用2 - 3次，每次含漱10 - 20毫升，含漱1分钟左右吐出。含片： 西地碘含片，含服后可在口腔内缓慢释放碘，有杀菌、抗感染的作用，一次含服1片，一日3 - 5次。
全身治疗药物
维生素类药物： 维生素B₂，它参与体内生物氧化与能量代谢等过程，对于因维生素缺乏引起的口腔溃疡有一定的防治作用，成人每天的推荐摄入量一般是1.2 - 1.5毫克，可通过口服补充剂来摄入。免疫调节类药物： 对于反复发生且症状较严重的口腔溃疡，可能会用到转移因子口服液等免疫调节药物，它可以调节机体免疫功能，但需在医生的指导下使用，一般根据患者的具体情况确定用药剂量和疗程。
中药类药物
中成药： 如冰硼散，具有清热解毒、消肿止痛的功效，可直接撒于溃疡面上，一天使用数次。还有口腔溃疡散，同样能起到清热敛疮的作用，用药方法是将药粉涂于溃疡处，一日2 - 3次。不过中药的使用需要根据个体的辨证情况来选择，最好在中医师的指导下应用。需要注意的是，儿童使用口腔溃疡相关药物时要格外谨慎，比如儿童使用含漱剂需在成人监护下进行，避免误吞等情况发生。而且不同的药物适用情况不同，具体用药要根据口腔溃疡的病因、严重程度等由医生来合理选择。