疱疹性咽峡炎通常由肠道病毒引起，一般可以使用对症治疗的药物来缓解症状，比如退热药物对乙酰氨基酚等，通常能在一定时间内起到退热效果。
抗病毒药物相关情况
目前对于疱疹性咽峡炎，没有特效的抗病毒药物。因为它大多是自限性疾病，一般病程在1周左右。不过如果是由特定病毒引起且有相应抗病毒指征时，可能会用到一些抗病毒药物，但临床上常用的不多。例如，对于肠道病毒71型感染，目前有一些研究在探索相关抗病毒药物的应用，但还没有广泛普及的特效抗病毒药。
对症治疗药物分类
退热药物：
如果患儿体温超过38.5℃，可以使用对乙酰氨基酚来退热。对乙酰氨基酚适用于3个月以上的儿童等人群，能通过抑制前列腺素合成发挥解热镇痛作用，一般用药后0.5 - 1小时左右开始起效，帮助降低体温。
缓解咽痛药物：
对于咽痛明显的患儿，可以使用含漱液，如生理盐水等进行含漱，能清洁口腔，减轻局部炎症和疼痛感觉。如果疼痛较为严重，在医生评估后，可能会考虑使用一些局部的喷雾制剂，但要注意年龄限制，比如低龄儿童需谨慎使用。
特殊人群用药注意
儿童用药：
儿童患疱疹性咽峡炎时，使用药物要格外谨慎。比如在使用退热药物时，要严格按照儿童体重计算用药剂量，不能超量使用。而且一些复方制剂可能含有多种成分，要避免重复用药导致不良反应。对于婴儿，在选择药物时更要遵循医生的指导，因为婴儿肝肾功能发育尚未完善，药物代谢能力较弱。
孕妇及哺乳期女性：
孕妇感染疱疹性咽峡炎时，用药需要特别小心。一般不建议自行用药，因为很多药物可能会对胎儿产生影响。需要及时就医，医生会根据孕妇的具体情况评估是否需要用药以及选择相对安全的药物。哺乳期女性用药也需要考虑药物是否会通过乳汁传递给婴儿，必要时可能需要暂停哺乳并在医生指导下选择合适的治疗方案。