患了巧克力囊肿的处理方式需根据患者年龄、症状、生育需求等综合判断。一般来说，较小的无症状巧克力囊肿可定期观察，每3~6个月做一次B超检查；而有明显症状或囊肿较大的可能需要手术等干预。
观察等待情况
无症状或轻度症状且囊肿较小： 如果巧克力囊肿直径小于5厘米，患者没有明显的痛经、性交痛等不适症状，且处于围绝经期（一般45~55岁），可以选择观察等待。在此期间要定期进行妇科B超检查，观察囊肿大小变化。通常建议每3个月左右复查一次B超，了解囊肿是否有增大趋势。无生育需求且接近绝经： 对于接近绝经年龄（如48岁左右）且没有生育需求的女性，若巧克力囊肿较小且无症状，也可先观察。因为绝经后体内雌激素水平下降，囊肿有可能自行缩小。
药物治疗情况
缓解痛经等症状： 对于有痛经症状的患者，可使用非甾体抗炎药来缓解疼痛，如布洛芬等。这类药物能通过抑制前列腺素合成来减轻疼痛，一般在痛经发作时服用，能在一定程度上缓解因巧克力囊肿引起的痛经症状。抑制卵巢功能： 促性腺激素释放激素激动剂（GnRH - a）可用于治疗巧克力囊肿。它能抑制卵巢功能，使雌激素水平下降，导致异位的子宫内膜萎缩。不过，使用GnRH - a可能会引起潮热、盗汗等类似绝经的症状，一般连续使用不超过6个月。
手术治疗情况
囊肿较大或症状明显： 当巧克力囊肿直径大于5厘米，或者患者有明显的进行性加重的痛经、不孕等症状时，多考虑手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术，腹腔镜手术创伤小、恢复快，是比较常用的方式。一般来说，术后复发的概率约为40%左右，所以术后可能需要辅助药物治疗来降低复发风险。有生育需求： 对于有生育需求的患者，手术要尽量保留卵巢功能和生育功能。例如行巧克力囊肿剥除术，但术后需要尽快怀孕，因为术后盆腔粘连等情况可能会影响受孕，一般建议在术后1年内尽快妊娠。