唇腭裂的发生主要与多种因素有关。据研究，唇腭裂的发生可能涉及遗传因素和环境因素等。大约有20% - 30%的唇腭裂患儿存在家族遗传倾向，如果家族中有亲属患有唇腭裂，那么后代患病风险会相对增加。
遗传因素方面
单基因遗传： 某些单基因的突变可能会导致唇腭裂的发生。比如一些特定染色体上的基因发生突变，就可能影响面部发育相关的基因表达，从而增加唇腭裂的发病几率。多基因遗传： 唇腭裂是多基因遗传性疾病，多个基因的共同作用以及环境因素的影响会导致发病。例如，多个与面部发育调控相关的基因同时出现异常，再加上孕期的一些不良因素，就更容易引发唇腭裂。
环境因素方面
孕期感染： 孕妇在孕期如果感染了某些病毒，如风疹病毒等，就可能增加胎儿患唇腭裂的风险。在怀孕早期（一般是怀孕3个月内），如果孕妇感染风疹病毒，病毒可能通过胎盘影响胎儿面部的正常发育，导致唇腭裂等畸形的发生。孕期药物影响： 孕妇在孕期服用某些药物也可能导致胎儿唇腭裂。比如一些抗癫痫药物等，如果孕妇在不知情的情况下服用了这类药物，可能会干扰胎儿面部发育的正常进程，增加唇腭裂的发生风险。孕期营养缺乏： 孕妇在孕期缺乏某些重要的营养物质，如叶酸等，也与唇腭裂的发生有关。叶酸对于胎儿的神经管和面部发育都非常重要，孕期叶酸缺乏会影响胚胎的正常发育，增加唇腭裂等出生缺陷的发生概率。孕期不良生活习惯： 孕妇如果在孕期吸烟、酗酒，也会增加胎儿患唇腭裂的可能性。吸烟产生的有害物质和酗酒都会影响胎盘的血液循环以及胎儿的营养供应，干扰胎儿面部的正常发育过程，导致唇腭裂等问题出现。