多发性腔隙性脑梗塞的治疗药物需根据具体病情选择，一般常用的有抗血小板聚集药物，比如阿司匹林，有研究显示长期服用小剂量阿司匹林可使脑梗塞复发风险降低约20%。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A2的生成，从而抑制血小板聚集。一般适用于没有禁忌证的患者，但有严重胃肠道疾病、出血倾向等患者需慎用。氯吡格雷： 是一种二磷酸腺苷P2Y12受体拮抗剂，可抑制血小板聚集。对于不能耐受阿司匹林的患者可以选用，不过也可能有出血等不良反应风险。
改善脑循环药物
丁苯酞： 能改善脑缺血区的微循环和血流量，促进受损神经功能的恢复。可用于治疗轻、中度急性缺血性脑卒中，不过有严重出血倾向的患者禁用。银杏叶制剂： 具有活血化瘀、改善脑循环的作用，能增加脑血流量，改善血液流变学等。但使用时要注意药物相互作用等情况。
控制危险因素的药物
降压药： 如果患者伴有高血压，需要根据血压情况选用合适的降压药物，如氨氯地平，将血压控制在合适范围，一般建议血压控制在140/90mmHg以下，能减少脑梗塞复发风险，但对于老年人等要注意降压不宜过快过低。降糖药： 若患者合并糖尿病，需使用降糖药物控制血糖，如二甲双胍，要使血糖控制在合理范围，空腹血糖一般控制在7mmol/L左右，餐后血糖控制在10mmol/L左右等，以降低脑梗塞相关风险，但用药需根据患者具体病情和身体状况调整。调脂药： 常用的有他汀类药物，如阿托伐他汀，能降低血脂，稳定斑块，一般要求将低密度脂蛋白胆固醇降至1.8mmol/L以下，可减少脑梗塞的发生和复发，但有肝功能异常等情况的患者要谨慎使用，用药期间需定期监测肝功能等指标。