精囊炎通常可使用抗生素进行治疗，一般选用敏感抗生素，如左氧氟沙星等，多数患者经过规范的抗生素治疗可取得较好效果。
抗生素类药物
喹诺酮类抗生素： 比如左氧氟沙星，它对引起精囊炎的常见病原菌有较好的抗菌活性，能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。不过，18岁以下患者一般不建议使用，因为可能影响软骨发育。头孢类抗生素： 像头孢呋辛，属于第二代头孢菌素，对革兰阳性菌和部分革兰阴性菌有抗菌作用，通过抑制细菌细胞壁的合成来杀菌。对头孢类药物过敏者禁用。
抗炎对症药物
非甾体抗炎药： 若精囊炎患者伴有疼痛症状，可使用布洛芬等非甾体抗炎药，它能通过抑制环氧化酶的活性，减少前列腺素合成，从而起到抗炎、镇痛的作用。但有消化道溃疡病史的患者要慎用，可能会加重溃疡病情。α受体阻滞剂： 例如坦索罗辛，可改善精囊腺的排空，缓解精囊炎引起的盆底疼痛等不适症状。不过，有体位性低血压风险的患者使用时要特别注意，服药后避免突然站立。
中医中药治疗
清热解毒类中药： 一些具有清热解毒功效的中药方剂或成药可能对精囊炎有辅助治疗作用，比如银花泌炎灵片，它由多种清热解毒、利湿通淋的中药组成，能在一定程度上减轻精囊炎引起的炎症反应，但使用时需在中医医生的辨证指导下进行，根据患者的具体病情和体质来调配药物。活血化瘀类中药： 像丹参等中药有活血化瘀的作用，对于精囊炎导致精囊局部淤血阻滞的情况可能有改善作用，有助于促进炎症的吸收和恢复，但同样需要在中医的辨证论治下合理应用。