毛囊炎的治疗药物需根据病情来选择，一般细菌感染引起的毛囊炎可选用抗生素类药物，比如外用的莫匹罗星软膏等，它能抑制细菌生长。
细菌感染性毛囊炎用药
外用抗生素： 对于轻度的细菌感染性毛囊炎，常用莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌作用，直接涂抹在患处就行。还有夫西地酸乳膏，也可用于治疗细菌感染引发的毛囊炎，能有效杀灭相关细菌。口服抗生素： 如果毛囊炎比较严重，或者外用药物效果不佳时，可能需要口服抗生素。比如头孢类抗生素，像头孢拉定等，但使用前要确认患者不对头孢过敏。还有大环内酯类的红霉素，不过要注意可能会有胃肠道反应等情况。
真菌感染性毛囊炎用药
外用抗真菌药： 要是真菌感染导致的毛囊炎，常用酮康唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。还有特比萘芬乳膏，也可用于治疗真菌性毛囊炎，涂抹在患处能起到抗真菌效果。口服抗真菌药： 严重的真菌性毛囊炎可能需要口服抗真菌药物，例如伊曲康唑，但伊曲康唑对肝脏有一定影响，用药期间需要监测肝功能。还有氟康唑，不过也有一定的肝肾毒性风险。
特殊人群用药注意
儿童患者： 儿童患毛囊炎用药要谨慎，外用药物时要注意涂抹的量和范围，避免孩子误食。如果需要口服抗生素，要选择儿童适用的剂型，并且严格按照医生根据儿童体重等情况来确定的剂量使用。孕妇患者： 孕妇患毛囊炎时，外用药物相对更安全些，比如一些刺激性小的外用抗生素或抗真菌药物。口服药物要特别谨慎，因为很多药物可能会通过胎盘影响胎儿，必须在医生充分评估利弊后才能使用。