前列腺小囊肿通常是前列腺腺管堵塞导致分泌物潴留形成的，一般没有明显症状时无需特殊处理。
先天发育异常导致
苗勒管残留部分结构异常： 在胚胎发育时期，苗勒管的残留组织可能发生变化，从而形成前列腺小囊肿。这种情况多在胚胎时期就已存在，但可能在成年后才被发现。中肾管退化不全相关： 中肾管如果退化不全，也可能参与前列腺小囊肿的形成，不过具体的机制还在进一步研究中，但这是先天发育方面导致前列腺小囊肿的一个因素。
炎症刺激引起
前列腺炎遗留影响： 患有前列腺炎时，炎症会反复刺激前列腺组织，使得前列腺腺管发生炎症性狭窄，进而导致分泌物引流不畅，逐渐潴留形成小囊肿。比如慢性前列腺炎患者，炎症长期存在，就增加了前列腺小囊肿的发生风险。精囊炎波及： 精囊炎如果没有得到及时有效的治疗，炎症可能蔓延波及到前列腺，同样会影响前列腺腺管的正常功能，促使前列腺小囊肿形成。
退行性变导致
年龄相关退行性改变： 随着年龄增长，前列腺组织会发生退行性变。老年男性前列腺组织的细胞、结构等会逐渐出现老化现象，前列腺腺管也可能因为这种退行性变化而出现堵塞，从而形成小囊肿。一般来说，50岁以上的男性前列腺小囊肿的发生率相对会高一些。既往前列腺损伤后续变化： 如果前列腺曾经有过外伤等损伤情况，在修复过程中可能会出现腺管堵塞等问题，也可能导致前列腺小囊肿形成。比如曾经有过前列腺部位撞击伤的患者，后期发生前列腺小囊肿的几率可能会增加。