前列腺囊肿是由多种原因引起的，先天性因素是其中之一，比如中肾导管与中肾旁管发育异常，管腔部分扩张就可能形成囊肿，这种情况从胚胎发育时期就可能存在。
先天性发育异常相关
中肾导管异常：胚胎发育时，中肾导管的某些部分如果发育出现偏差，就可能导致管腔扩张形成囊肿。一般这种先天性的中肾导管异常引发的前列腺囊肿，从胚胎早期就开始有发育上的异常趋向。中肾旁管异常：中肾旁管在发育过程中要是出现异常，也会有部分扩张形成囊肿的情况，这也是先天性因素里比较常见的引发前列腺囊肿的原因。
后天性因素影响
炎症感染导致：前列腺的慢性炎症会使腺泡梗阻，分泌物潴留，进而形成囊肿。例如慢性前列腺炎，炎症长期刺激前列腺组织，使得腺泡开口处梗阻，分泌的液体越积越多，慢慢就形成了囊肿。一般慢性前列腺炎如果没有得到及时有效的治疗，时间久了就容易引发这种情况。寄生虫引起： 像寄生虫感染也可能导致前列腺囊肿，比如寄生虫能使前列腺管及周围发生慢性炎症，或者引发结缔组织增生，最终形成囊肿。不过这种因寄生虫引起的前列腺囊肿相对比较少见，但也是一个可能的原因。退行性变所致：前列腺腺泡退行性变也会形成囊肿，随着年龄增长，前列腺组织出现退行性改变，腺泡功能下降等，就有可能导致囊肿形成。通常40 - 60岁的男性相对更容易因为前列腺退行性变出现囊肿情况。