眼睛结膜炎的治疗方法需根据病因来定。一般来说，感染性结膜炎可使用相应的抗感染药物，非感染性结膜炎则要针对诱因进行处理。比如细菌性结膜炎通常会用抗生素类药物，而病毒性结膜炎可能需要使用抗病毒药物等。
细菌性结膜炎的治疗
局部用药： 常用的有左氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌的生长繁殖。一般白天需要频繁点眼，比如每1-2小时点一次。还有妥布霉素滴眼液，也可有效对抗细菌。注意事项： 使用眼药水时，要注意瓶口不能接触眼睛，避免污染药液。同时，患病期间要注意个人卫生，勤洗手，不要用手揉眼睛。
病毒性结膜炎的治疗
抗病毒药物： 阿昔洛韦滴眼液是常用的抗病毒药物，能抑制病毒的DNA合成，从而发挥抗病毒作用。通常白天点眼，每隔2-3小时点一次。更昔洛韦眼用凝胶也可使用，能在眼表形成一定的药物浓度来对抗病毒。隔离措施： 病毒性结膜炎具有传染性，患者要注意隔离，避免去人员密集场所，防止传染给他人。
过敏性结膜炎的治疗
脱离过敏原： 首先要找出过敏原并尽量脱离。比如对花粉过敏的患者，在花粉季节要减少外出，关好窗户等。如果是对某种化妆品过敏，就要停止使用该化妆品。抗过敏药物： 常用的有色甘酸钠滴眼液，能稳定肥大细胞，阻止过敏介质释放。还有奥洛他定滴眼液，也可起到抗过敏的作用。使用这类药物时要按照医嘱规律用药。