眼睛结膜炎的治疗需根据不同类型采取相应措施，一般可通过局部用药等方式改善。比如细菌性结膜炎可使用抗生素类眼药水，病毒性结膜炎则可能需要一些抗病毒的局部处理。
局部用药选择
抗生素类眼药水： 如果是细菌性结膜炎，常用的有左氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻止细菌DNA复制，从而发挥抗菌作用。还有妥布霉素滴眼液，对多种革兰氏阳性菌和阴性菌有抗菌活性。抗病毒类眼药水： 对于病毒性结膜炎，阿昔洛韦滴眼液比较常用，它能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制。更昔洛韦眼用凝胶也是常用的抗病毒药物，可用于治疗病毒性结膜炎。
一般护理方法
保持眼部清洁： 可以用生理盐水冲洗眼睛，一般每天冲洗1 - 2次，能清除眼部分泌物，减轻炎症刺激。冲洗时要注意动作轻柔，避免损伤角膜。避免刺激： 患病期间要避免强光刺激，外出时可佩戴太阳镜。同时，不要用手揉眼睛，防止加重感染或导致炎症扩散。
不同类型结膜炎的特殊处理
过敏性结膜炎： 首先要远离过敏原，如花粉、尘螨等。然后可使用抗组胺类眼药水，像富马酸依美斯汀滴眼液，能拮抗组胺受体，缓解过敏引起的眼部瘙痒、红肿等症状。如果过敏症状较严重，还可口服抗组胺药物，但需在医生指导下使用。衣原体性结膜炎： 常用的药物有四环素眼膏，它能抑制衣原体的蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。红霉素眼膏也是常用药物，可涂抹在结膜囊内，起到抗菌消炎的效果。治疗期间要注意个人卫生，避免与他人共用毛巾等物品，防止交叉感染。