肛瘘的主要症状包括流脓，一般新生成的肛瘘流脓较多，脓液黏稠、呈黄色、有臭味，而时间较久的肛瘘流脓量少，有时呈间歇性；肿痛也是常见症状，当瘘管通畅时，一般不会感到明显疼痛，只感觉局部坠胀感，若脓液排出不畅，瘘管堵塞，就会出现疼痛，尤其在行走时疼痛会加重；瘙痒也较为常见，由于脓液不断刺激肛周皮肤，患者会感觉肛周瘙痒，皮肤可出现湿疹样改变。
流脓表现：
脓液特征：新形成的肛瘘通常脓液量比较多，质地黏稠，颜色发黄，还伴有明显臭味。而病程较长的肛瘘，流脓量相对较少，有时候呈现间歇性流脓的情况。比如有的患者会发现内裤上时不时有少量脓性分泌物。
肿痛情况：
通畅时：当肛瘘的瘘管处于通畅状态，引流通畅时，一般患者不会有明显的疼痛感觉，可能只会感觉到局部有坠胀感。堵塞时：要是肛瘘的脓液排出不顺畅，瘘管发生堵塞，那就会引发疼痛，而且在行走等活动时，疼痛会更加明显。例如患者走路时，肛周会有较为明显的疼痛感。
瘙痒状况：
由于肛瘘不断有脓液流出，这些脓液会持续刺激肛周皮肤，使得患者感觉到肛周瘙痒难耐，长时间的搔抓还可能导致肛周皮肤出现湿疹样改变，皮肤变得粗糙、增厚等。比如有的患者会因为肛周瘙痒而影响日常生活和睡眠。