射精后阴茎疼痛的原因包括尿道炎、精囊炎、尿道狭窄、尿道结石等。
一、尿道炎：这主要是由淋球菌、非淋球菌引发的尿道炎症。在射精时，由于精液要流经炎症区域，就会对尿道黏膜形成刺激，从而导致疼痛感产生。
二、精囊炎：患病时，精液中会含有大量的细菌或脓液。当精液射出时，这些物质就容易刺激尿道，引发疼痛症状，同时还往往伴有精液色泽的改变。
三、尿道狭窄：通常是由前尿道疾病或海绵体纤维化所引起。在射精的瞬间，大量精液涌出，会冲击局部狭窄的尿道，这样就可能表现出疼痛症状。
四、尿道结石：若泌尿系结石嵌顿在尿道内，也会致使射精后出现尿道疼痛的情况。在医护人员指导下将结石排出后，疼痛现象会迅速得到缓解。
总之，射精后阴茎疼痛大多是因尿道功能异常所导致的。若症状长期持续，需及时就医进行检查和治疗。