毛囊炎主要是由细菌感染引起的，常见的致病菌是金黄色葡萄球菌，大约50%的毛囊炎是由它引发的。
皮肤卫生状况不佳
皮肤清洁不够： 如果长时间不洗澡，皮肤表面会堆积大量的灰尘、油脂以及污垢，这些物质容易堵塞毛囊口，为细菌的滋生创造有利条件。比如，长期从事重体力劳动的人，出汗较多，如果不能及时清洁皮肤，就更容易患上毛囊炎。毛发过度牵拉： 一些特殊职业的人群，像运动员在训练过程中，头发或者身体其他部位的毛发会受到过度牵拉，这会损伤毛囊，使毛囊更容易受到细菌入侵。例如，经常扎很紧马尾辫的人，头皮部位的毛囊就可能因牵拉受损，增加毛囊炎的发病风险。
机体免疫力低下
基础疾病影响： 患有糖尿病等基础疾病的人，身体的血糖水平长期处于较高状态，这不利于身体的抗感染能力。高血糖环境适合细菌生长繁殖，所以这类人群更容易发生毛囊炎。据统计，糖尿病患者发生皮肤感染包括毛囊炎的概率比正常人要高很多。长期使用免疫抑制剂： 一些接受器官移植的患者需要长期服用免疫抑制剂来防止器官排斥反应，这会使机体的免疫力下降，对细菌的抵御能力变弱，从而容易引发毛囊炎。
毛囊本身病变
毛囊受损： 皮肤受到外伤，比如擦伤、抓伤等，这会破坏毛囊的完整性，细菌就会从受损的部位侵入毛囊，引发炎症。例如，皮肤被利器划伤后，如果没有做好清洁消毒，就很可能导致毛囊炎。毛囊堵塞： 皮脂腺分泌旺盛的人，皮脂腺会产生过多的油脂，如果不能及时排出，就会堵塞毛囊口，导致毛囊内部的分泌物无法正常排出，细菌在里面滋生繁殖，引发毛囊炎。青春期的青少年由于内分泌旺盛，就比较容易出现这种因皮脂腺分泌旺盛导致的毛囊炎。