肛周湿疹的治疗药物需根据病情选择，一般来说，外用药物较为常用。局部外用糖皮质激素是治疗肛周湿疹的常用药物之一，如氢化可的松乳膏等，能起到抗炎、止痒的作用，但连续使用不宜超过2-3周。
外用药物治疗
糖皮质激素药膏： 像地塞米松乳膏，具有较强的抗炎、抗过敏作用，可缓解肛周湿疹引起的瘙痒、红肿等症状，但长期使用可能会引起皮肤萎缩等不良反应，所以要遵医嘱使用。钙调磷酸酶抑制剂： 比如他克莫司软膏，适用于面部、颈部等皮肤薄嫩部位以及成人的肛周湿疹，它不会引起皮肤萎缩，不过刚开始使用时可能会有短暂的灼热感。
口服药物治疗
抗组胺药： 氯雷他定片是常用的抗组胺药物，能减轻瘙痒症状，一般每天服用1次，可用于缓解肛周湿疹导致的瘙痒，尤其适合夜间瘙痒明显影响睡眠的患者。维生素类药物： 维生素B族有助于维持皮肤黏膜的完整性，对肛周湿疹的恢复有一定辅助作用，可适当补充。
中药外治
中药洗剂： 可以用黄柏、苦参、地肤子等中药煎水后熏洗肛周，具有清热燥湿、止痒的功效，一般每天熏洗1-2次，每次15-20分钟。中药膏剂： 有些中药膏剂如青黛膏，也可用于肛周湿疹，能起到清热、燥湿、止痒的作用。肛周湿疹患者在用药的同时，还需注意保持肛周清洁干燥，避免搔抓、热水烫洗等刺激，穿着宽松透气的内裤，饮食上要避免食用辛辣、刺激性食物以及容易引起过敏的食物等，这样才能更好地促进病情恢复。