慢性肛周湿疹可以使用糖皮质激素类药物、钙调磷酸酶抑制剂等药物来缓解症状，其中糖皮质激素类药物如氢化可的松软膏，一般短期使用能较快减轻炎症和瘙痒，通常连续使用不超过2-3周。
糖皮质激素类药物：
弱效糖皮质激素： 像氢化可的松软膏，适合用于肛周皮肤较薄嫩的部位，抗炎作用相对较弱，副作用较小，能减轻湿疹引起的炎症、瘙痒等症状。中效糖皮质激素： 例如曲安奈德益康唑乳膏，有抗炎、抗真菌等作用，对慢性肛周湿疹伴有轻度感染等情况有一定疗效，但连续使用一般不建议超过2周，以免引起皮肤萎缩等不良反应。
钙调磷酸酶抑制剂：
他克莫司软膏： 属于钙调磷酸酶抑制剂，适用于成人的慢性肛周湿疹，尤其适合面部、颈部等皮肤薄嫩部位以及糖皮质激素治疗效果不佳或不宜使用糖皮质激素的患者，能缓解瘙痒等症状，且长期使用相对安全，但开始使用时可能有局部灼热感等不适。吡美莫司乳膏： 同样是钙调磷酸酶抑制剂，可用于2岁及以上儿童和成人的慢性肛周湿疹，能改善湿疹症状，使用时局部可能出现轻度红斑、瘙痒等，一般可耐受。
中药外洗药物：
复方黄柏液涂剂： 具有清热解毒、消肿祛腐的作用，可通过外洗的方式缓解慢性肛周湿疹引起的瘙痒、红肿等症状，用纱布或棉球蘸取药液湿敷于患处，每次15-20分钟，每日1-2次。苦参汤： 由苦参、蛇床子、白芷、金银花、菊花、黄柏、地肤子、大菖蒲等中药组成，有清热燥湿、杀虫止痒的功效，煎水外洗肛周部位，能减轻湿疹带来的不适，但中药外洗需在医生指导下根据个体情况使用。
抗组胺药物：
口服抗组胺药： 如氯雷他定片，可缓解慢性肛周湿疹引起的剧烈瘙痒症状，成人一般每天1次，每次1片，服用后可能会有嗜睡等不良反应，驾驶人员等需要保持清醒的人群用药时要注意。外用抗组胺药： 部分外用的含抗组胺成分的制剂也可辅助缓解肛周湿疹的瘙痒，不过相对口服药应用较少，使用时需注意观察皮肤反应。