肛漏主要是由肛周脓肿发展而来，约占肛漏形成原因的80%左右。肛周脓肿自行破溃或经切开引流后，脓腔壁形成纤维化的管道，就是肛漏。另外，还有少部分肛漏是由结核杆菌感染引起的，比如骨结核或脊柱结核波及到肛门周围，进而形成肛漏。
肛周脓肿引发肛漏的机制
肛周感染蔓延： 肛门直肠部位是重要的排泄通道，容易受到细菌等病原体侵袭。当肛腺发生感染时，炎症会沿着肛管直肠周围的间隙蔓延。比如肛腺感染后，炎症先在肛腺管周围扩散，逐渐形成脓肿。如果这个脓肿没有得到及时有效的治疗，脓肿就会向周围组织破溃，破溃后形成的通道如果没有完全愈合，就会持续有分泌物排出，进而发展成肛漏。一般来说，肛周脓肿发病后，如果没有进行规范的手术治疗引流，大约有1/3的患者会在1 - 2个月内形成肛漏。脓肿破溃后的变化： 肛周脓肿破溃后，最初破溃口会暂时愈合，但由于内部的感染源并没有彻底清除，感染会持续从内部向破溃口周围组织侵袭。随着时间推移，破溃口周围会逐渐形成纤维化的管道，管道的一端连接着感染的内口（通常是在肛窦部位），另一端则是肛周皮肤的外口，分泌物会不断从内口经管道流到外口，导致肛漏长期不愈。
结核杆菌感染导致肛漏的情况
结核杆菌的传播： 结核杆菌可以通过血行传播等途径到达肛门周围组织。比如患者本身有骨结核或脊柱结核，结核杆菌随着血液循环到达肛门周围的组织后，会引起局部的炎症反应。这种炎症反应与一般细菌感染引起的炎症不同，结核性炎症发展相对缓慢，会逐渐破坏周围组织，形成特异性的结核性肛漏。结核性肛漏的病程相对较长，且治疗起来比一般细菌感染引起的肛漏更复杂，因为需要进行抗结核治疗，同时还要处理局部的瘘管情况。局部组织的破坏： 结核杆菌在肛门周围组织繁殖，会不断破坏周围的肌肉、脂肪等组织，形成的瘘管比较特殊，通常管道比较迂曲，而且周围组织的修复能力相对较弱。患者会出现肛周反复流脓、肿痛等症状，并且病情容易反复发作，需要长期的治疗和观察。
其他少见原因引发肛漏
直肠肛管外伤： 比如肛门部位受到外力撞击、异物损伤等。如果外伤比较严重，导致直肠肛管与外界相通，或者引起局部组织感染，就有可能形成肛漏。例如，有患者因意外事故导致肛门直肠部位受伤，之后局部发生感染，没有得到及时正确的处理，就逐渐发展成了肛漏。这种情况相对较少见，但一旦发生，也需要及时进行治疗，根据外伤的程度和肛漏的情况采取相应的手术等治疗措施。炎性肠病： 像克罗恩病等炎性肠病，也可能累及肛门直肠部位，引起肛周炎症、溃疡，进而形成肛漏。克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，病变可累及胃肠道的任何部位，当累及肛门直肠时，肠道的炎症会导致肛周组织受损，形成瘘管。这类患者往往还伴有肠道的其他症状，如腹痛、腹泻等，治疗肛漏的同时还需要对炎性肠病进行系统的治疗。