支原体和衣原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。例如，支原体肺炎患者通常会有咳嗽症状，这种咳嗽一般会持续2-3周左右，初期为干咳，之后可能会有少量黏痰，甚至痰中带血。而泌尿生殖道衣原体感染，男性可能出现尿道刺痒、尿频、尿痛等症状，尿道口可能有轻度红肿，分泌物稀薄；女性可能有宫颈炎症，表现为宫颈充血、水肿、糜烂，有黏液脓性分泌物等。
呼吸系统支原体感染症状
咳嗽表现： 支原体引起的肺炎咳嗽较为典型，多为刺激性干咳，有时候咳嗽比较剧烈，晚上可能会比白天更明显。有的患者咳嗽可持续较长时间，能达到几周。伴随症状： 可能伴有发热，体温一般在38℃左右，也有部分人会出现高热，同时还可能有乏力、头痛等全身症状。
泌尿生殖道衣原体感染症状
男性症状：尿道不适： 会感觉尿道内有刺痒感，排尿时可能有轻微的尿痛，尿道口可能会有少量稀薄的分泌物，晨起时可能会发现尿道口有痂膜封住或者内裤有污染。并发症风险： 如果不及时治疗，可能会引发附睾炎等并发症，出现阴囊部位疼痛、肿胀等症状。女性症状：宫颈症状： 宫颈会有炎症表现，如宫颈充血、水肿，宫颈表面可能有糜烂，同时有黏液脓性分泌物，量可能较多。泌尿症状： 可能出现尿急、尿频等泌尿系统症状，部分人症状可能不典型，容易被忽视。
眼部衣原体感染症状
沙眼衣原体感染： 会引起沙眼，早期症状有眼睛发痒、异物感、流泪、怕光等，随着病情发展，可能出现眼睑红肿、结膜充血、有滤泡形成等，严重的可能会影响视力，导致角膜浑浊、血管翳形成等。
其他部位衣原体感染症状
直肠衣原体感染： 多见于同性恋者，可能出现直肠疼痛、黏液性分泌物、腹泻等症状。